当努尔哈赤统治势力逐渐壮大后，穆尔哈齐多次率兵征讨，每战必先士卒，先后征鸭绿江、纳殷、珠舍里等，将其征服。为表彰穆尔哈齐的功绩，努尔哈赤赐其青图鲁称号，汉译为诚毅勇士。由此可见，穆尔哈齐在跟随兄长努尔哈赤创业中，以其忠诚、刚毅、勇猛而受兄长努尔哈赤的尊重与厚。

为了清除来自宗族内的敌对势力，穆尔哈齐极力主张收服六祖宝实孙所占据的章甲城。在他的主张下，努尔哈赤与其一起，以突然袭击的策略一举攻取了章甲城，将城中的族众收归已有，扫除了自己门前的障碍，震慑了三祖索长阿的孙。

万历十五年八月，穆尔哈齐与大将额亦都一同率兵攻打尔达城，当大军行军至浑河时，正值汛期，河暴涨，大军无法涉渡，属皆劝穆尔哈齐、额亦都二人，率兵回返复命。穆尔哈齐厉诫属“受命征，安能不战遇而返耶？”随令善泅土卒，贡索泅渡，将绳索连接两岸实树上，大队士卒扶索而渡，越过浑河。尔达城中守军，自认为浑河河暴涨，形成了一天然屏障，穆尔哈齐所率的军，纵有天大的本领，也不会在此际渡过浑河，前来攻城。因此放松了全城的军事防御。

穆尔哈齐随努尔哈赤渡河追至吉林崖，发现众敌复又聚集杀来，努尔哈赤机智地脱帽诱敌隐，张弓对冲在最前面的敌人一箭去，利箭贯脊使其倒地而亡。穆尔哈齐也死一人。一阵战之后，敌军纷纷投降，余者或逃窜、或坠崖而死。在这次以被动变主动的战斗中，努尔哈赤与穆尔哈齐兄弟以四人击退了八百余名敌人的攻，扭转了战局。战斗结束后，努尔哈赤针对此次之役，慨的说：“今日之役以四人败八百众，天助我也”(见《清史稿·太祖本纪》)。后来，1616年，努尔哈赤在赫图阿拉建立后金国，即位称帝时，将年号定为“天命”，有史家称源于此。

互不统属的各城寨人争先向后逃命。努尔哈赤兄弟“四人奋勇步，直重围”，杀敌二十余人，追得敌人争先渡浑河逃命。

万历十四年七月，穆尔哈齐与其兄努尔哈赤一起，率军攻取了先前率众截杀自己的哲陈托漠河城，俘获人畜而还。随后挥师征讨鹅尔浑城。在军鹅尔浑城途中穆尔哈齐在先开路，努尔哈赤在后压阵，一路所经之，都是仇敌，穆尔哈齐率沿途厮杀，才来到鹅尔浑城下。在攻打鹅尔浑城时，努尔哈赤肩中箭，浑上下三十多受伤，无力指挥战斗。关键时刻，穆尔哈齐而，代兄指挥，取得了此次攻打鹅尔浑城的胜利。

率渡过浑河的穆尔哈齐、额亦都二人决定，将众隐蔽起来，待到夜晚敌人无备时，发起攻。当晚，穆尔哈齐、额亦都二人发攻城命令，所将士奋勇猛攻。城中守军从睡梦中惊醒，有此军士来不及披甲持械与攻城将士拒战，两军接战，矢石如蝗，额亦都率先登城，受创伤五十余，众的指挥大权落在了穆尔哈齐一人上。在双方战最激烈的时刻，穆尔哈齐亲率将士搏杀，多受伤，仍率众奋战不已，终于攻克了尔达城，凯旋归来。穆尔哈齐率军回返时，其兄努尔哈赤城外迎接，设宴劳全军，重奖了穆尔哈齐与额亦都二人。

努尔哈赤采纳了弟弟穆尔哈齐的建议，令其率一队锐骑兵悄悄地埋伏在古勒山后，寻找战机。九联军到来后，叶赫贝勒布寨以九联军统帅的份命令大军围攻古勒城。城中木雷石齐下，两军激战，杀声连天。双方正在激战时，穆尔哈齐率骑兵风驰电掣般地冲了来，直接冲到了九联军攻城的队伍中，一时，九联军大，叶赫贝勒布寨惊恐之余，尚不清楚冲到前的骑兵是怎么回事时，自己的坐骑被木绊倒，将他摔了下来。布寨还没来得及

在闻名于世的古勒山大战前夜，素有军事指挥天赋的努尔哈赤，面对着十倍于已的九联军，也显得束手无策。自己众中，兵微将寡，巧妇难为无米之炊，怎么署也不足以与敌兵抗衡。此时，骁勇善战的穆尔哈齐向兄长提议，由自己率一队兵埋伏在古勒山后，当敌兵大队到来时，人多势众，必然会选择在古勒山前的开阔地古勒之野列队结阵，乘敌人列队结阵不稳之机。自己率兵突击，采用擒贼先擒王的战术，打敌人的阵角，然后由努尔哈赤指挥全线冲击，一举可以击溃敌军。